棚改时对无证房屋也按照违章建筑进行拆迁的是没有任何法律依据的，两者的性质并不一样，并且无证房屋并不一定就是违章建筑。在对棚改房屋和无证房屋的合法性进行认定时，需要根据其具体情况来进行判定。
一、棚改中对于无证房按违建拆除，有没有法律依据?
棚户区改造中对于无证的房屋按违建进行拆除是没有法律依据的，棚户区房屋与无证房屋是不同的。并且在对棚户区房屋和无证房屋进行认定时还需要根据具体情况来进行判定其是否违法。棚户区房屋是不是违建，在认定的时候是比较困难的，存在很多历史遗留的问题，所以不能一刀切按违建处理。
二、几种确定可以得到补偿的无证房：
1.代代流传下来的祖宅
现在很多地区都存在祖宅这一类的房屋，有的被征收房屋干脆是建于民国时期的。在当时那个年代，许多房屋都是一代一代继承下来的，并没有房产证一类的房契类证明存在。无论如何，我们不能要求那些和故宫、皇城相府几乎同龄的建筑拥有所谓的“合法证件”。
2.农村宅基地范围内自行建造的房屋
在上个世纪80年代之前，国家对农村建房的要求并不是十分严格，建房办理手续也比较简单宽松，对房屋、土地确权方面很多都没有做到位。因此，农村还存在很多的无证房，只要是依法建造，获得村委会、乡镇政府某种形式批准的房屋，即使没有产权证明，在征地拆迁时也应当给予合理的补偿。
3.在合理范围内加盖出来的农村房屋
只要是在自家的宅基地上，没有“出圈儿”“越界”，农民经向“村长”打招呼就自行加盖二层、三层的情况是非常普遍的。毫无疑问，这类房屋并不构成土地违法，也未直接影响乡村规划，那么在面临征收时是应当给予一定的补偿的。实践中一些地方存在只认一层，二层以上加出来的一律按违建论处的做法，实际上是没有什么法律依据的。但需要注意的是，如果加盖部分是违反消防安全法规的彩钢板、泡沫填充房屋，那么被认定为违建是很难避免的事情。
三、、棚改拆迁时，安置方式有哪些?
被拆迁住宅房屋为平房的，实行主房宅基地换房或货币补偿。被拆迁住宅房屋为别墅的，按照现有别墅建筑面积1：1比例给予安置或货币补偿。被拆迁人可以选择其中一种方式签订房屋拆迁补偿安置协议。商业、企业、养殖小区等非住宅拆迁采取货币补偿方式进行安置。
根据我国法律的规定，安置房的转让交易需要在取得该安置房房产证后才可以进行，这时的过户交易与一般的房屋没有任何区别之处。根据相关法规及政策的规定拆迁安置房屋一般分为两大类：一类是因重大市政工程动迁居民而建造的配套商品房或配购的中低价商品房。如黄浦江两岸进行的世博会拆迁。按照有关方面的规定，被安置人获得这种配套商品房的，房屋产权属于个人所有，但在取得所有权的5年之内不能上市交易。另一类是因房产开发等因素而动拆迁，动拆迁公司通过其他途径安置或代为安置人购买的中低价位商品房。